自然保護區(qū)形成的植被十分復雜。在大區(qū)域上它屬于中亞熱帶常綠闊葉林區(qū)，樹木多數(shù)具有常綠、革質、中小型、全緣、且與光源垂直的特點，是這個區(qū)系的典型代表。舜皇山植被既具有華南植物區(qū)系成份，華中植物區(qū)系成份也在這里屢見不鮮，是華南--華中植物過渡區(qū)域。
在植被小區(qū)分類上，根據(jù)祁承經(jīng)《湖南植被》來劃分，舜皇山植被屬湘南植被區(qū)中的越城嶺和南嶺山地植被小區(qū)，具有典型的南嶺森林類型。植被區(qū)域特征典型，過渡類型明顯，植物多樣性豐富，屬湖南省植物最復雜、且孕育不少新種的地區(qū)之一。擁有“南方樹木王國”、“生物基因庫”的美稱。
湖南舜皇山自然保護區(qū)植被的主要類型分為森林(針闊混交林、常綠闊葉林、常綠落葉闊葉混交林、山頂矮林、竹林)灌叢和草叢3大類型32種植被。
湖南舜皇山的常綠闊葉林是中國亞熱帶常綠闊葉林的典型代表，也是我國具有全球意義的常綠闊葉林群落集中分布區(qū)，原始狀態(tài)的常綠闊葉林多分布在海拔1000m以下，主要由殼斗科(Fagaceae)、樟科(Lauraceae)、木蘭科(Magnoliaceae)、杜英科(Elaeocarpaceac)、茶科(Theaceae)等的常綠樹種組成。主要林分類型有以甜櫧、石櫟為主的常綠闊葉林、以甜櫧、構栗為主的常綠闊葉林、以小紅栲為主的常綠闊葉林。
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