自然保護區(qū)屬中亞熱帶季風氣候區(qū)，其氣候?qū)儆谥衼啛釒Ъ撅L濕潤氣候類型。但是，舜皇山氣候除具有亞熱帶和季風的性質(zhì)外，同時受海拔高度、山地地形和森林等地理環(huán)境因子的綜合影響，表現(xiàn)出明顯的亞熱帶山地氣候特征。

　　自然保護區(qū)年平均氣溫為15.0℃，最熱月7月平均氣溫25.9℃，最冷月1月平均氣溫3.4℃，年較差22.5℃，極端最高氣溫33.8℃，極端最低氣溫－7.5℃，其平均氣溫年變化規(guī)律為單峰型。保護區(qū)年平均降水量為1360.6mm。每年5月雨量最多、最集中，平均為208.9mm，12月雨量最少平均為37.3mm。歷年平均降水日數(shù)有179.3天，保護區(qū)年平均相對濕度為91%，保護區(qū)相對濕度的垂直變化明顯，隨著海拔高度的升高，相對濕度增大。保護區(qū)冬季盛行東北風，夏季盛行西南風，風向轉(zhuǎn)換隨季節(jié)明顯不同，屬季風氣候區(qū)域。

　　自然保護區(qū)氣候資源極為豐富，特別是“春之嵐，夏之瀑，秋之云，冬之雪”這奇特而明顯的四季變化，在我國中亞熱帶尤其是南嶺地區(qū)是較為少見和不可多得的。因此，保護區(qū)應在保護的基礎上，充分利用保護區(qū)獨特而豐富的自然資源，開展森林生態(tài)風光旅游。